SMK Agama Limauan adalah merupakan sebuah sekolah SMKA daripada 8 buah SMK Agama yang terdapat di Sabah dan daripada 56 buah yang terdapat di Malaysia. Ianya ditubuhkan pada 20 hb Jun 1977 bersamaan 03hb Rejab 1337H oleh Kementerian Pendidikan Malaysia melalui Bahagian Pendidikan Islam yang sekarang dikenali sebagai Jabatan Pendidikan Islam dan Moral. Sekolah ini dibina untuk mewujudkan Sistem Pendidikan Islam secara formal dan berkesan di negeri Sabah, memandangkan permintaan dan kehendak masyarakat yang memerlukan sekolah agama.
Pada peringkat awal penubuhannya sekolah ini dikenali dengan nama SMK Agama Sabah dan menumpang dibangunan SMK Menggatal hinggalah akhir penggal pertama tahun 1980. Pada 28hb April 1980 SMK agama Limauan telah berpindah ke bangunan baru iaitu bekas bangunan UKM, Sabah yang terletak di kilometer 24 jalan Papar lama. Kampus ini telah ditinggalkan oleh mahasiswa-mahasisiwi UKM yang berpindah ke Bukit Padang.Apabila berpindah ke tapak baru beberapa tahun SMK Agama Sabah ditukarkan nama kepada SMK Agama Limauan Sabah, mengambil sempena dengan nama kampung Limau-limauan, Kudat, Sabah tempat kelahiran Ketua Menteri Sabah iaitu Tun Datu Mustapha.
Memandangkan SMK Agama Limauan tidak dapat menampung keperluan semasa, projek sekolah gantian telah dipohon yang terletak di Kimanis , Papar. Akhirnya projek tersebut telah siap dan tapak SMK Agama Limauan yang baru telah diserahkan pada 11hb Oktober 2002. Pada 12hb Disember 2002, SMK Agama Limauan mula beroperasi di tapak dan bangunan baru . Pada 06 Januari 2003 Sekolah yang serba baru dan indah ini mula beroperasi dengan rasminya. Bangunan lamanya yang terletak di Kinarut telah diambilalih oleh sebuah lagi sekolah baru yang dikenali sebagai SMK Agama Tun Mustapha. SMK Agama Limauan Kimanis di bawah kategori sekolah berasrama, dimana pelajarnya wajib tinggal di asrama sekolah. Pemilihan pelajar masuk ke sekolah ini berdasarkan Ujian Penilaian Sekolah Rendah (UPSR), berunsurkan dakwah dan meningkatkan syiar Islam.
Sekolah SMK Agama Limauan yang baru ini terletak di pinggir pantai Kimanis di Daerah Papar menghadap ke laut Cina Selatan dalam negeri Sabah. Keluasan kawasan sekolah lebih kurang 22 ekar persegi terdiri daripada 2 blok bangunan asrama (putera dan puteri), 4 blok bangunan sekolah, 2 unit flat guru, sebuah rumah pengetua, 2 unit rumah guru kanan serta 6 unit rumah pekerja. Sekolah ini juga telah dilengkapi dengan sebuah masjid, kantin sekolah dan dewan serba guna.
Sekolah yang terletak 60KM dari pusat Bandar Kota Kinabalu boleh dihubungi dengan perjalanan darat. Perjalanan darat termasuklah kereta dan keretapi. Biasanya tempoh masa yang diambil dari Kota Kinabalu ke sekolah ini lebih kurang 40 minit jika menaiki kereta dan lebih kurang 1 jam 15 minit perjalanan menaiki keretapi. Perkhidmatan keretapi lazimnya digunakan oleh pelajar sekolah apabila mereka balik ke kampung atau ke pusat Bandar seperti Pekan Papar, Kimanis, Bongawan, Membakut dan Beaufort. Pekan Papar adalah pekan yang terdekat di Sekolah ini dengan hanya mengambil masa 15 minit perjalanan dengan kereta.
Dari segi organisasi pendidikan daerah, sekolah ini di bawah pentadbiran Pegawai Pelajaran Daerah kecil Membakut dan Pegawai Pelajaran Gabungan Beaufort. SMK Agama Limauan Kimanis kini sudah pun memasuki tahun ke empat perpindahannya ke tapak sekolah baru. Alhamdulillah, SMK Agama Limauan Kimanis dari sebuah tanah yang gersang tanpa sebarang pokok telah menjadi sebuah sekolah yang ceria, rimbun dengan pohon-pohon yang menghijau dan dihiasi dengan taman-taman ilmu, dan 2 taman air terjun. Berkat permuafakatan dan kerjasama antara pihak pentadbiran, guru dan Persatuan Ibubapa dan Guru, SMK Agama Limauan Kimanis berjaya menukar imejnya dalam waktu yang singkat kepada keadaan bersih dan ceria. Persekitaran sekolah yang semakin cantik banyak membantu meningkatkan pencapaian pelajar dalam peperiksaan awam.
Dalam aspek kurikulum, SMK Agama Limauan Kimanis telah menunjukkan pencapaian keputusan yang membanggakan dalam keputusan PMR, SPM dan STPM . Keputusan yang cemerlang ini telah meletakkan SMK Agama Limauan, Kimanis, sekolah yang terkemuka di Bahagian Beaufort dan dalam negeri Sabah. Peningkatan pencapaian pelajar dalam peperiksaan ini dibantu dengan kemudahan-kemudahan yang lengkap yang terdapat di sekolah ini. SMK Agama Limauan kini mempunyai kemudahan-kemudahan seperti yang berikut:
• Mempunyai sebuah makmal komputer dengan kemudahan internet untuk guru dan pelajar
• Mempunyai sebuah pusat sumber yang lengkap
• Mempunyai sebuah bilik APD yang lengkap
• Mempunyai 4 buah Makmal sains yang mengandungi makmal fizik, kimia, biologi dan makmal sains am.
• Mempunyai sebuah bilik bahasa Melayu dan bilik self access learning untuk bahasa inggeris.
• Mempunyai sebuah bas dan sebuah van sumbangan PIBG.
Dengan perpindahan SMK Agama Limauan Kimanis ke dalam bahagian Beaufort,telah membuka lembaran baru dalam pencapaian cemerlang kokurikulum dalam Bahagian Beaufort. SMK Agama Limauan Kimanis telah banyak memenangi pertandingan-pertandingan kokurikulum seperti Syarahan Agama, Syarahan Bahasa Arab, Pidato Bahasa Melayu dan Inggeris, Drama Bahasa Inggeris, olahraga, sukan dan permainan dan lain-lain lagi. Ini telah menaikkan nama SMK Agama Limauan Kimanis di bahagian Beaufort khasnya dan di negeri Sabah amnya dalam bidang kokurikulum
SMK Agama Limauan Kimanis juga telah banyak menempa nama dan kami berharap sekolah ini akan mencapai visi yang telah ditetapkan dalam masa yang terdekat. Ramai dikalangan pelajarnya yang telah berjaya melanjutkan pelajaran ke pusat pengajian tinggi IPTA dan IPTS dalam negara mahu pun diluar negara. Dengan motto sekolah “anak yang baik, anak yang mendengar kata” dan dengan mengamalkan 3S (senyum, salam dan sapa) akan meletakkan SMK Agama Limauan Kimanis sebagai sebuah sekolah terunggul di negeri Sabah.
